消化在胃腔内开始，由小肠的上皮细胞最后完成。胃蛋白酶是胃内最重要的消化酶，也是人胃液中仅有的蛋白水解酶，在pH为2.0~3．O时活性最高，pH高于5．O时失活。正常胃液的pH使胃蛋白酶原迅速激活成为胃蛋白酶，激活后的胃蛋白酶又能激活胃蛋白酶原，生成更多的胃蛋白酶，通过这种正反馈作用，酶原变成酶的过程大大加快。胃蛋白酶消化的最重要的特点是能够消化胶原蛋白，胶原是肉类食物细胞间连接的主要成分，是一种不易被其他消化酶所影响的纤维蛋白。胃蛋白酶没有很强的专一性，除不能水解黏液蛋白外，能将各种水溶性蛋白质都水解成多肽。它主要水解由苯丙氨酸、酪氨酸及亮氨酸残基组成的肽键，从而生成大小不等的、分子量较小的多肽。胃蛋白酶的作用仅仅是蛋白质消化的初始阶段，食物中的蛋白质大约只有lO%~20%在胃中被转化成朊间质、蛋白胨和少量多肽。
食物中的大部分蛋白质是在十二指肠和空肠内经胰腺分泌的蛋白水解酶如胰蛋白酶、糜蛋白酶、羧基肽酶和弹性蛋白酶等进行消化的。胰蛋白酶和糜蛋白酶能将蛋白质分子裂解为小的多肽，羧基 肽酶能将多肽 羧基末端的单个氨基酸水解，而弹性蛋白酶可消化肉类食物中的弹性纤维。在这个阶段仅有很小的一部分蛋白质能被水解成单个氨基酸，大部分被消化成二肽、三肽甚至更大的肽。
蛋白消化的最后阶段是在小肠肠腔内由分布在肠绒毛的肠上皮细胞完成，小肠上皮细胞的纹状缘有成千上万的微绒毛突向肠腔，每个微绒毛的表面都含有多种肽酶，以氨基肽酶和几种二肽酶最为重要，它们能将较大的多肽裂解为三肽，二肽甚至单个氨基酸，从而使之更容易被转运进入微绒毛的肠上皮细胞内。肠上皮细胞的胞质中含有多种能将氨基酸之间的肽键裂解的肽酶，可在几分钟之内将三肽、二肽消化成单个氨基酸，然后通过肠上皮细胞的基底部吸收入血。在通常情况下，蛋白质消化终产物的99%都是单个氨基酸，只有极少部分以肽的形式被吸收。
