口腔内的细菌种类繁多，但一般情况下口腔不发生疾病，原因是因为口腔有防御机制。口腔的防御机制包括口腔解剖和生理屏障作用、体液抗体和细胞中介反应、白细胞与巨噬细胞的吞噬作用。
一、 口腔解剖和生理屏障作用：具有生理屏障作用的有以下几方面：
1、 口腔粘膜：是由复层鳞状上皮组成的。在正常生理状态下，上皮细胞不断更新，新生上皮组织代替角化上皮组织，口腔细菌可因角化上皮被替换而脱落到唾液中，随痰排出口腔。这个新陈代谢的作用起到了限制细菌数量和种类的作用。
2、 咀嚼和吞咽动作是口腔的一种保护功能。附着在牙齿咬合面的细菌，通过咀嚼食物，随同食物和唾液一起被吞咽下去。
3、 牙齿的保护功能是通过牙本质生长形成的，并起到保护牙髓的作用。
4、 唾液的防御功能是由于唾液中含有溶菌酶，而溶菌酶具有抗菌特性。
5、 龈沟液是炎症性分泌物，具有保护牙龈的作用。龈沟液携带脱落上皮向外移出口腔，阻碍微生物进入沟底，对预防牙龈疾病有密切关系。龈沟液中还含有尿素，而尿素能抑制牙菌斑形成。
二、 体液抗体和细胞中介反应：抗体是由抗原刺激产生的，抗原可以是细菌，也可以是口腔某种损伤物质。不同的抗原产生不同的抗体，医学上称为特异抗体。
三、 细胞中介反应：即细胞免疫反应。细胞特指T细胞，T细胞在免疫过程中，起到中间介导作用。
四、 白细胞的吞噬作用：具有吞噬细胞功能的细胞主要是指白细胞。吞噬功能大小与细胞数量有关。白细胞的数量在清晨和夜间最低，白天增加。它有助于控制口腔微生物，是口腔的主要防御屏障。
