科学刷牙会清洁牙齿，保护牙齿健康。科学刷牙不但要求刷牙的方法科学，而且也要求选择卫生无菌的牙刷，这样才能保护牙齿不受侵害，若使用带菌的牙刷，则易患上牙刷污染症。
牙刷刷毛排列过密，使用后头朝下，不通风，常潮湿，易滋生细菌；牙刷天天接触牙齿和口腔的角落，刷牙后，如未冲洗干净，很可能有病菌在牙刷的缝隙中隐藏：牙刷上或多或少遗留牙膏，又为细菌的生长繁殖提供了优良条件。大量研究材料表明，连续使用2个月以上的牙刷，细菌培养结果存在多种致病菌，如葡萄球菌、溶血性链球菌、草绿色链球菌、肺炎球菌、肺炎杆菌、白色念珠菌等。牙刷里的病菌常趁刷牙之际，使“病从口入”。
儿童一般抵抗力较弱，隐藏在牙刷里的致病菌容易侵入体内，引起咽炎、扁挑腺炎、牙龈炎、口腔炎、上呼吸道感染，甚至肺炎、风湿热、肾炎、肠炎、脓毒血症及菌血症等。专家们发现，经久不愈的咽炎患儿，清洗、消毒牙刷或及时更换牙刷后，病情明显改善。
因此，儿童每次刷牙完毕，须用流动的清水将牙刷上黏附的食物残屑和牙膏冲洗干净，牙刷头朝上置于通风干燥处，尽量选购排列少（2~3排）的牙刷。
将洗净的牙刷头部全部浸没在3%双氧水里30分钟，每周1次。双氧水分解释放出来的原子氧能杀灭黏附、隐藏在牙刷里的病菌，简便有效且经济。消除了牙刷上的污染，既达到了卫生牙刷的要求，又避免一些人在牙刷毛还没有磨损或卷曲时一两个月换一把新牙刷的浪费现象。也可用醋或其他消毒液来浸泡牙刷。发现疾病时，需及时就诊治疗。
此外，当今市场上，打上“药物”两字的牙膏有许多，上面书写的功效有防龋、脱敏、防酸、消炎、除垢、除臭、含氟等。药物牙膏中的药物成分并不多，且在口腔中停留时间较短，其治疗牙病的作用是微平其微的。人的口腔内有大量细菌，其中有的是致病菌，更多的却是无害而有益的。这两类细菌常常共生共存、相互依存又相互制约，使口腔内微生物生态系统得以平衡。如果使用杀菌功效大的药物牙膏，虽然能杀死致病细菌，同时也消灭了无害有益的细菌，使口腔内的细菌生态失衡，菌群失调，由此会导致其他疾病。含氟的药物牙膏在含氟量低的地区使用当然是很有益处的，但如在不缺氟的地区使用则会适得其反，使斑釉现象更为严重。由上可知，选用药物牙膏一定要有针对性，如果牙齿并无疾病，可用质量较好而不合药物的牙膏；即使需用药物牙膏的人，也不宜长期固定使用一种牌号的药物牙膏，以免口腔内的细菌在一种药物的反复刺激后产生耐药性。
