研究表明，孕期服用某些药物对母亲和胎儿有不同的影响，但由于胎儿血-脑屏障渗透性大，肝解毒功能差，可导致胎儿畸形或功能障碍、死胎流产等。大多数药物可从母体经胎盘到达胎儿体内，胎儿对药物的反应取决于药物作用、剂量、用药时间、胎盘通透性及胎儿组织器官发育的阶段等情况。受精卵植入子宫内膜并形成两胚层时，此时药物对胚胎有两种影响。
其一表现为有害药物全部或部分破坏胚胎细胞，致胚胎早期死亡，妊娠中止，流产或被母体自身吸收。其二是指有害药物并未损害胚胎或损伤少量细胞，但由于此时期的细胞在功能上具有潜在的多向性，可以补偿或修复大量损伤的细胞，因而不发生形态学方面的畸形，故称为不易感期。受精后第3～8周，为器官高度分化时期，大多数器官的始基在此时期形成，胚胎细胞已失去多向性，并开始定向发育，因而不易通过细胞分化的代偿来修复。
一旦有害物质侵入，极易发生形态上结构异常，导致畸形发生，故称为致畸高度易感期。药物的致畸作用与药物性质、用药时的胎龄、药物剂量、疗程长短及胎儿的遗传素质有关，其中最重要的是药物性质及用药时的胎龄，从狭义角度讲，药物致畸高危期是在孕早期（特别是胚胎17～56天），因为这是胚胎器官分化发育的重要阶段，此时期细胞分化迅速，发生一系列的形态变化，大多数器官始基在此时期形成，一旦受到有害因素的影响，极易发生形态上的异常，导致畸形，故称为“致畸高度易感期”。 在胚胎发育过程中，各器官的分化是不同步的，分化时间有早晚之别，分化速度有快慢之分，因此不同器官的致畸易感期长短不一，如中枢神经系统易感期最长，发生时间也最早，从受精第15天直至胎儿娩出，其中在15～36天最为敏感。心脏在受精后20～40天、四肢在24～46天最敏感。受精后第9周至足月，大多数器官分化已基本完成，随着妊娠月份的增加，对有害物的敏感性逐渐降低。
但在妊娠12周左右，分化发育较晚的外生殖器仍有可能出现形态上的异常，中枢神经系统也仍在分化和发育中，致畸敏感性仍然存在。在妊娠中晚期，有害药物的影响主要可导致生理功能的缺陷及发育迟缓，出生时低体重或出生后行为发育异常，而且有些障碍直到青春期才表现出来。可见孕期用药应特别慎重。由于许多器官发育时间有交叉，致畸易感期也相互交叉，几种不同药物可以导致同类畸形，一种药物也可导致多种畸形，如听力丧失可发生在母体大量应用链霉素治疗时，也可发生在母体患风疹后，而且风疹病毒也可同时导致心脏畸形和白内障。畸形的发生取决于胚胎发育的不同阶段，但同一发育阶段不同有害物质可造成不同的畸形种类。例如，沙立度胺（反应停）主要导致肢体缺陷。
从广义角度讲，整个孕期都属于致畸高度易感期。因为，即使胚胎器官已经分化，但胎儿在整个发育成熟阶段对药物损害的抵抗力依然是很低的。所不同的是，药物对胎儿的影响，最严重的时期是妊娠90天以前，主要导致解剖形态畸形。而孕中、晚期，胎膜胎盘屏障变薄，药物容易透过，胎儿仍易受药物的影响，主要导致宫内生长迟缓和出生后的功能行为异常。
