子宫内膜异位症也是流产的原因之一，正常的子宫内膜组织在身体其他部位种植，并在性激素的影响下生长、发展和消散是本症的主要特点。早期无症状的子宫内膜异位已不影响受孕，随着疾病的发展，妊娠情况也发生变化，由原来可以生育转成流产率增加，甚至最后达不育状态。其原因可能有以下几种：
(1) 免疫学因素：异位子宫内膜碎片的种植或排斥与机体的免疫功能有关，在猴或人类患有异位症时，均证明有细胞免疫功能降低。异位症实质上是一种自身免疫性疾病。异位症与全身免疫现象有一定联系，异位症患者发生系统性红斑狼疮的危险2倍于正常人，出现抗核抗体或狼疮抗凝物的频率较高。现已证实，子宫内膜抗原主要存在于子宫内膜腺上皮细胞的胞浆中，且异位症患者的血清中可测出抗子宫内膜抗体，这种抗体干扰了受精卵着床，或着床后影响其生长发育以致流产。内膜异位症患者局部的病变主要是由病灶内周期性出血所致。当组织内及经血中的蛋白质成分被巨噬细胞吞噬吸收后即成为抗原，使宿主产生抗体，抗原抗体反应形成自身免疫反应。这种免疫功能的改变，也干扰了受精卵着床而致流产，甚至干扰精子的正常运送、受精致不育。
(2) 卵巢功能改变：子宫内膜异位症影响卵巢功能是肯定的。 这主要是由于子宫内膜的广泛种植，造成卵巢实质的破坏，卵巢粘连形成瘢痕并可有假包膜，导致卵巢功能障碍与不排卵。子宫内膜常与黄素化未破裂卵泡综合征（致不育）、黄体功能不全、高催乳素血症并存，可表现为月经失调、经量增多及无排卵月经周期、流产、不育。子宫内膜异位症者发生自然流产率较高，合并黄体功能不全为重要原因。黄体功能不全指黄体不能产生足够的孕激素，血清孕激素小于32纳摩／升，致使子宫内膜发育迟缓，不能维持正常的分泌功能和早期妊娠，常表现为不孕和反复早期流产。高催乳素血症的主要症状是闭经及溢乳，但在正常范围的高水平者，却表现为黄体功能缺陷。高水平的催乳素可直接抑制颗粒细胞的增生及其产生雌激素的能力，抑制垂体促性腺激素的分泌导致不育。
(3) 前列腺素因素：子宫内膜异位症的异位内膜病灶结节及腹腔液中前列腺素的浓度升高，这可能是由于异位内膜合成前列腺素增多和分解排出缓慢，使局部蓄积所致。前列腺素在卵泡的发育、卵巢激素的分泌、诱发排卵和溶解黄体等过程中，均参与调节作用，并影响子宫和输卵管的正常收缩和蠕动。在正常情况下，前列腺素从生殖器官产生后，经过局部血管传递到邻近卵巢产生作用。每当卵巢黄体退化之前，前列腺素有所升高，产生溶解黄体作用，调节了黄体的生命过程，数日后，血中孕酮也明显下降。所以，子宫内膜异位症患者的异位内膜组织产生的大量前列腺素，和黄体早期萎缩、黄体功能不足及引起的不孕与流产率增高密切相关。
另外，当患者腹腔的高浓度前列腺素直接接触输卵管时，亦会引起强烈的输卵管蠕动和子宫收缩，不利于卵子的运行、受精和受精卵的着床，以致不孕及流产。
